Hicrî 1133 (miladî 1720) tarihinde inşa edilen Camii, 1985 yılında Semiha Şakir Hanımefendi tarafından yeniden yaptırılmıştır. Hacı Bedel Mustafa Efendi Camii’nin mevcut durum ve kullanımları ile ilgili gerek işlevsel gerek fiziksel ve estetik problemler, Kalyon Vakfı tarafından günümüz koşullarına en uygun şekilde yenilenmektedir.